【図解】認定医療法人制度は使うべき？相続対策の意思決定フローチャート

2025-08-14

医療法人の理事長先生やそのご家族にとって、事業承習と相続は非常に大きな課題ですよね。特に、多くの医療法人が該当する「持分あり医療法人」の場合、出資持分の評価額が年々増加し、いざ相続という時に莫大な相続税がかかってしまうケースが少なくありません。その結果、後継者が納税資金を準備できず、円滑な事業承継が難しくなることも…。そんなお悩みを解決する一つの強力な選択肢が「認定医療法人制度」です。この制度を使えば、相続税や贈与税の負担なく「持分なし医療法人」へ移行できる可能性があります。とはいえ、「本当にうちの法人に合っているの？」「どんなデメリットがあるの？」と迷われる方も多いはずです。そこでこの記事では、認定医療法人制度を活用すべきかどうかを判断するための一助となる「意思決定フローチャート」を交えながら、制度の基本から注意点まで、わかりやすく解説していきます。

認定医療法人制度って、そもそもどんな制度？

認定医療法人制度は、とても簡単に言うと、相続税や贈与税の心配がない「持分なし医療法人」へ、税金の負担なくスムーズに移行するためのお助け制度です。国が「地域医療を守るために、円滑な事業承継を後押ししますよ」という目的で設けている、時限的な特例措置なんですね。まずは、この制度を理解するための基本から見ていきましょう。

「持分あり」と「持分なし」医療法人の違い

医療法人には、大きく分けて「持分あり」と「持分なし」の2つのタイプがあります。この違いが、相続問題を考える上で最も重要なポイントになります。

持分あり医療法人	出資者が出資額に応じて財産的な権利（持分）を持っています。この持分は株式会社の株式のように財産価値があり、相続税の課税対象となります。法人が解散した際には、残った財産を出資持分に応じて分配してもらえます。
持分なし医療法人	出資持分の概念がなく、法人の財産は特定の個人のものではありません。そのため、理事長に相続が発生しても、相続税の課税対象となる出資持分が存在しません。ただし、解散時の残余財産は国や地方公共団体などに帰属します。

つまり、「持分なし」へ移行するということは、将来の相続税の悩みから根本的に解放されることを意味します。

なぜ認定医療法人制度が必要なの？

「それなら、すぐにでも持分なしに移行すればいいじゃないか」と思いますよね。しかし、ここには大きな税金の壁があります。通常、「持分あり」の出資者がその持分を放棄して「持分なし」へ移行すると、その放棄された持分の価値（例えば数億円になることも）が医療法人へ贈与されたとみなされ、法人に高額な贈与税が課せられてしまうのです。これでは、せっかく事業承継を考えても、法人の経営が傾いてしまいますよね。認定医療法人制度は、この移行時にかかる贈与税を非課税にするための制度なのです。これを利用することで、税金の心配をせずに「持分なし」へ移行できる道が開かれます。

制度活用のメリット・デメリット

良いことずくめに見える制度ですが、もちろんデメリットや注意点もあります。活用を検討する前に、両方をしっかり理解しておくことが大切です。

メリット

出資持分にかかる相続税の負担がなくなる
移行時の贈与税が非課税になる
将来の世代交代でも相続問題が再発しない
社員の退社時の払戻請求権がなくなり、経営が安定する
同族経営を維持したまま移行できる（役員の親族割合制限がない）

デメリット

移行後6年間は認定要件を守り続ける必要があり、毎年報告義務がある
要件を満たせなくなった場合、認定が取り消され、贈与税が課されるリスクがある
法人が解散した場合、残余財産は国や地方公共団体などに帰属し、出資者の手元には戻らない
一度持分を放棄すると、元に戻すことはできない

【意思決定フローチャート】我が家は認定医療法人制度を活用すべき？

それでは、実際にあなたの医療法人がこの制度を活用すべきか、簡単なフローチャートで考えてみましょう。下の質問に「はい」「いいえ」で答えてみてください。

START: あなたの医療法人は「持分あり医療法人」ですか？

【はい】の場合 → 次のステップへ
【いいえ】の場合 → あなたの法人は既に出資持分がないため、この制度の対象外です。

STEP 1: 後継者（お子様など親族内の医師）はいますか？

【はい】の場合 → STEP 2へ
【いいえ】の場合 → STEP 3へ

STEP 2: 出資持分の評価額が高く、将来の相続税の納税が困難になりそうですか？

【はい】の場合
→ 認定医療法人制度の活用を強くおすすめします。相続税の負担なく、後継者にスムーズにバトンタッチできる可能性が非常に高いです。メリットがデメリットを上回るケースと言えるでしょう。

【いいえ】の場合（納税資金に問題がない）
→ 急いで移行する必要性は低いかもしれません。しかし、将来の払戻請求リスクや、さらに次の世代の相続を考えると、今のうちに移行を検討する価値は十分にあります。他の対策と比較検討してみましょう。

STEP 3: 後継者がいない場合、将来的に第三者へ譲渡（M&A）をお考えですか？

【はい】の場合
→ 持分ありのままなら、持分を売却して譲渡対価を得られます。持分なしに移行すると、持分の売却はできなくなります（ただし、理事長退任時に役員退職金を受け取ることは可能です）。譲渡対価をしっかり得たい場合は「持分ありのまま」、相続発生リスクを回避しつつ退職金で回収できれば良いと考えるなら「持分なしへの移行」を検討します。ただし、買い手が見つかる前に相続が発生するリスクも忘れずに！

【いいえ】の場合（M&Aも考えていない）
→ 将来的な廃院も視野に入れている状況かもしれません。この場合、持分なしに移行すると残余財産は国等に帰属します。法人の状況や理事長先生のお考えによって最適な選択は大きく変わるため、専門家との詳細な相談が不可欠です。

認定を受けるための具体的な要件

制度を活用するには、国の定めた要件をクリアし、それを移行後6年間維持し続ける必要があります。ここでは、特に重要な要件をいくつかご紹介します。

運営に関する主な要件	内　　　　　容
① 収入に関する要件	社会保険診療に係る収入が、全収入金額の80％を超えていること。
② 経費に関する要件	医業収入が、医業費用の1.5倍を超えないこと。
③ 遊休財産に関する要件	遊休財産（医療業務に直接関係ない資産）の額が、本来業務の事業費用の額を超えないこと。
④ 役員報酬に関する要件	役員に対する報酬等が、不当に高額にならないような支給の基準を定めていること。
⑤ 利益供与の禁止	法人関係者（役員やその親族など）に対して、特別の利益を与えないこと。
⑥ 自費診療に関する要件	自費患者さんへの請求額が、社会保険診療報酬と同一の基準で計算されていること。
⑦ 法令遵守	法令に違反するなどの重大な事実がないこと。

これらの要件は、医療法人が適正かつ公益的に運営されていることを示すためのものです。申請前に、自院がこれらの要件を満たせるかどうかのチェックが必須となります。

認定申請から移行までの流れと注意点

制度利用の全体像を把握しておくことも重要です。大まかな流れと、特に注意すべき点を確認しましょう。

申請手続きのタイムライン

認定を受けるには、計画的な準備が必要です。申請には期限があるため、早めの行動がカギとなります。

移行計画の作成と社員総会での議決：持分なし法人へ移行するための計画書を作成し、社員総会で承認を得ます。
厚生労働大臣への認定申請：必要書類を揃えて厚生労働省に申請します。申請期限は令和8年12月31日です。
認定の取得：審査を経て、厚生労働大臣から認定を受けます。
持分なし法人への移行：認定日から5年以内に、出資者全員が持分を放棄し、都道府県知事から定款変更の認可を受け、移行が完了します。

移行後の6年間の報告義務

認定医療法人制度は、移行して終わりではありません。最も注意すべきなのが、移行完了後6年間は、毎年、認定要件を満たしていることを厚生労働省に報告する義務がある点です。もしこの期間中に要件を満たせなくなると、認定が取り消され、本来非課税だったはずの贈与税が課されてしまうという厳しいペナルティがあります。そのため、移行後の運営管理も非常に重要になります。

もし相続発生後に検討する場合は？（納税猶予制度）

「認定の準備を進めている間に、万が一相続が発生してしまったら…」そんな不安もありますよね。ご安心ください。その場合の救済措置として「相続税の納税猶予制度」があります。

これは、相続税の申告期限（相続開始から10ヶ月以内）までに移行計画の認定を受けることができれば、出資持分にかかる相続税の納税が一旦「猶予」されるというものです。そして、その後、計画通りに持分放棄を完了すれば、猶予されていた相続税が「免除」されます。

結果として相続税を納めずに済みますが、相続発生から10ヶ月という短期間で複雑な申請を完了させる必要があるため、非常にタイトなスケジュールになります。やはり、万が一に備えるためにも、事前の計画的な準備が何より大切です。

まとめ

医療法人の相続・事業承継対策は、非常に専門的で複雑です。特に「持分あり医療法人」にとっては、出資持分の評価額上昇に伴う相続税問題は避けて通れません。

認定医療法人制度は、この問題を税負担なく解決できる非常に有効な手段です。しかし、それは「財産権の放棄」という大きな決断を伴い、移行後6年間の運営義務という制約も受け入れなければなりません。

今回ご紹介した意思決定フローチャートを参考に、まずはご自身の法人の現状と将来の展望を整理してみてください。そして、「うちのケースはどうだろう？」と少しでも感じたら、手遅れになる前に、ぜひ一度専門家にご相談ください。令和8年12月31日という申請期限は、意外とあっという間にやってきます。大切なクリニックと地域医療の未来のために、今から準備を始めることが、最も確実な一歩となるはずです。