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認定医療法人制度で相続税ゼロへ!
活用のための意思決定フローチャート

2025-05-14
目次

医療法人の院長先生にとって、事業承継は大きな課題ですよね。特に、出資持分のある医療法人の場合、後継者が引き継ぐ際の相続税が高額になり、クリニックの経営そのものを圧迫してしまうケースも少なくありません。そんな悩みを解決する強力な選択肢が「認定医療法人制度」です。この制度をうまく活用すれば、相続税の納税が猶予され、最終的には免除される可能性があります。今回は、この認定医療法人制度を活用すべきかどうかを判断するための「意思決定フローチャート」という形で、わかりやすく解説していきますね。

認定医療法人制度とは?相続税対策の切り札

まずは、認定医療法人制度がどのようなものなのか、基本から押さえていきましょう。この制度は、一定の要件を満たした「持分あり医療法人」が厚生労働大臣の認定を受けることで、事業承継に伴う相続税や贈与税の負担を実質的になくすことができる、とても画期的な制度なんです。

なぜ医療法人の相続税は高額になるの?

そもそも、なぜ医療法人の相続税は高額になりがちなのでしょうか。それは、院長先生(出資者)がお持ちの「出資持分」が相続財産となるからです。医療法人が長年にわたって得た利益(内部留保)が積み重なると、法人の純資産価値が高まります。それに伴って出資持分の評価額もどんどん上がっていき、相続時には数億円規模になることも珍しくありません。その結果、後継者には想像以上の相続税が課せられてしまうのです。

認定医療法人制度のメリット:相続税の納税猶予と免除

認定医療法人制度の最大のメリットは、この高額な相続税の納税が猶予され、さらに一定の要件を満たすことで全額免除される点にあります。具体的には、後継者である相続人が、その医療法人の経営を生涯にわたって継続した場合などには、猶予されていた相続税の納税義務がなくなります。これにより、後継者は税金の心配をすることなく、安心してクリニックの経営に専念できるわけです。

制度活用のための前提条件

この素晴らしい制度ですが、どんな医療法人でも利用できるわけではありません。まず大前提として、相続税評価の対象となる「出資持分のある医療法人」であることが必要です。また、事業を継いでくれる後継者がいることも必須の条件となります。この制度は、あくまで円滑な事業承継を目的としているためです。

【フローチャート①】あなたの法人は認定を受けられる?自己チェック

それでは、ご自身の医療法人が認定の対象となるか、具体的な要件を見ていきましょう。認定を受けるためには、主に運営の適正性に関する厳しい基準をクリアする必要があります。ここでは、特に重要なポイントをチェックリスト形式でご紹介します。

運営に関する要件

認定医療法人として認められるには、非同族性が高く、公的な性格を持つ運営が求められます。主な要件を下の表にまとめましたので、ぜひご自身の法人と照らし合わせてみてください。

要件項目 具体的な基準
同族関係者の役員割合 理事・監事の総数のうち、院長先生とそのご親族などの同族関係者が3分の1以下であること。
役員報酬 不当に高額でないこと。社会通念上、適切な水準であることが求められます。
剰余金の配当 剰余金の配当を行わない旨が定款に定められていること。
社会保険診療収入の割合 収入全体の80%超が、社会保険診療にかかる収入であること。
解散時の残余財産 解散時の残余財産が、国や地方公共団体、または他の医療法人に帰属する旨が定款に定められていること。

遊休財産に関する要件

医療法人が、その本来の業務に関係のない財産を過大に保有していないことも重要な要件です。これを「遊休財産」と呼びます。具体的には、事業に直接使用していない不動産や過大な現預金、有価証券などが該当します。この遊休財産の額が、直前事業年度の事業費用(経費)の額を超えていないことが求められます。事業承継の前に、資産の整理が必要になるケースもあります。

非同族性の要件

役員の割合だけでなく、法人運営全体の非同族性も厳しくチェックされます。例えば、理事長と特別な関係にある企業(親族が経営する会社など)との取引が、全体の取引額のうちで大きな割合を占めている場合などは、非同族性の要件を満たさないと判断される可能性があります。透明性の高い、公明正大な運営が求められているのです。

【フローチャート②】認定後の運営は可能?メリット・デメリット比較

無事に認定を受けられたとしても、ゴールではありません。認定後も、その要件を維持し続けなければなりません。ここでは、認定後の運営におけるメリットとデメリットを比較し、長期的な視点で活用を検討してみましょう。

メリット:相続税負担ゼロの実現

改めてになりますが、最大のメリットは「相続税負担が実質ゼロ」になることです。これにより、後継者は納税資金の準備に奔走する必要がなくなり、クリニックの設備投資や人材育成など、本来集中すべき医療サービスの向上に力を注ぐことができます。これは、地域医療の安定的な継続にとっても非常に大きなプラスとなります。

デメリット:運営上の厳しい制約

一方で、デメリットは運営の自由度が著しく制限される点です。認定を受けるためにクリアした要件は、認定後もずっと守り続けなければなりません。これを怠ると、認定が取り消され、猶予されていた相続税に利子税を付けて一括納付しなければならなくなります。

制約項目 具体的な内容
役員構成の制限 同族関係者の役員は3分の1以下という制限が継続します。ご家族中心の経営が難しくなります。
役員報酬の上限 役員報酬は引き続き社会通念上、適切な範囲に抑える必要があります。
財産処分の制限 法人の財産を自由に処分したり、個人に貸し付けたりすることはできません。剰余金の配当も引き続き禁止です。
報告義務 毎事業年度終了後、運営状況について厚生労働省へ定期的な報告が義務付けられます。

【フローチャート③】認定申請の手続きとスケジュール

認定医療法人制度の活用を決めた場合、どのような手続きが必要になるのでしょうか。申請には準備も時間もかかりますので、計画的に進めることが大切です。

申請前の準備:現状分析と計画策定

まずは、現状の医療法人が認定要件を満たしているか、専門家である税理士などに相談して徹底的に分析してもらうことが第一歩です。特に、出資持分の評価額の算定遊休財産の有無の確認は必須です。もし要件を満たしていない項目があれば、どうすればクリアできるのか、定款変更や資産整理などの具体的な計画を立てる必要があります。

申請から認定までの流れ

準備が整ったら、いよいよ申請手続きです。大まかな流れは以下のようになります。

  1. 厚生労働省への申請書類の提出:定款や事業報告書、財産目録など、非常に多くの書類が必要になります。
  2. 厚生労働省による審査:提出された書類をもとに、要件を満たしているかどうかが厳しく審査されます。審査には通常、数ヶ月から1年程度かかると言われています。
  3. 認定書の交付:審査を無事にクリアすると、厚生労働大臣から認定書が交付されます。
  4. 税務署への手続き:認定書の交付後、税務署に相続税の納税猶予の申請を行います。

認定後の報告義務

認定を受けたらそれで終わり、ではありません。認定を維持するためには、毎事業年度終了後3ヶ月以内に、運営状況などを記載した報告書を厚生労働省に提出する義務があります。この報告を怠ったり、虚偽の報告をしたりすると、認定が取り消されるリスクがあるため、注意が必要です。

認定医療法人以外の選択肢も検討しよう

認定医療法人制度は非常に強力ですが、運営上の制約が厳しく、すべての医療法人にとって最適な選択肢とは限りません。他の相続対策とも比較して、総合的に判断することが重要です。

持分なし医療法人への移行

認定医療法人の要件を満たすのが難しい場合、「持分なし医療法人」へ移行するという選択肢があります。持分なし医療法人に移行すると、出資持分そのものがなくなるため、将来的に相続税は発生しなくなります。移行時に発生する可能性のある贈与税についても、一定の要件を満たせば納税が猶予・免除される制度があります。ただし、一度移行すると出資者の財産権は完全になくなるため、慎重な判断が必要です。

MS法人を活用した対策

MS法人(メディカル・サービス法人)を設立し、医療法人の業務の一部(経理、清掃、不動産管理など)を委託する方法もあります。これにより、医療法人の利益をMS法人に移転させ、医療法人の内部留保の増加を抑制し、結果として出資持分評価額の上昇を抑える効果が期待できます。ただし、MS法人との取引価格の妥当性など、税務調査で厳しくチェックされるポイントでもあるため、専門家と相談の上で進めることが不可欠です。

まとめ

認定医療法人制度は、医療法人の事業承継における相続税問題を解決する非常に有効な手段です。しかし、その裏には運営の自由度が大きく制限されるという側面もあります。今回ご紹介した意思決定フローチャートを参考に、まずはご自身の法人が要件を満たせるのか、そして認定後の厳しい制約の中で経営を続けていくことができるのかを冷静に分析してみてください。そして、必ず税理士などの専門家にご相談の上、持分なし法人への移行やMS法人の活用といった他の選択肢とも比較しながら、ご自身のクリニックにとって最も良い未来を描ける方法を選んでいきましょう。

事業承継と民事信託のよくある質問まとめ

Q.事業承継における民事信託とは何ですか?

A.会社の株式などの財産管理を、後継者などの信頼できる人(受託者)に託す法的な仕組みです。これにより、経営権(議決権)と財産権(配当など)を分離でき、現経営者の意思を反映させながらスムーズに事業を引き継ぐことが可能になります。

Q.民事信託を使うと、相続争いを防げますか?

A.はい、効果的です。信託契約によって株式の承継先をあらかじめ指定できるため、相続による株式の分散を防ぎ、後継者以外への経営権の流出や相続人間のトラブルを回避しやすくなります。

Q.後継者がまだ若くても民事信託は活用できますか?

A.はい、活用できます。後継者が経営者として成熟するまでの間、議決権の行使は現経営者や専門家などが指図し、経営の安定を図ることができます。その間、後継者は配当などの利益を受け取るといった柔軟な設計が可能です。

Q.事業承継で民事信託を活用するメリット・デメリットは何ですか?

A.メリットは、現経営者の意思を長期的に反映できること、後継者の経営をサポートできること、株式の分散を防げることです。デメリットは、信託契約書の作成などに専門家への費用がかかること、適切な受託者を見つける必要があることなどが挙げられます。

Q.民事信託を利用すると節税になりますか?

A.民事信託自体に直接的な節税効果はありません。しかし、信託の仕組みを利用して計画的に財産を移転することで、将来の相続税や贈与税の負担を考慮した対策を立てやすくなります。具体的な税務については税理士への相談が必要です。

Q.民事信託を始めるには、どのような手続きと費用が必要ですか?

A.まず司法書士や弁護士などの専門家に相談し、信託の目的や内容を定めた信託契約書を作成します。その後、公証役場での認証や財産の名義変更手続きを行います。費用は信託財産の規模や内容により様々ですが、専門家への報酬として数十万円からが一般的です。

事務所概要
社名
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住所
〒107-0052
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対応責任者
税理士 島本 雅史

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