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持分あり医療法人の理事長必見!出資持分に潜む相続税と払戻しリスク

2025-12-07
目次

クリニックや病院を経営されている理事長先生、いつも地域医療へのご貢献ありがとうございます。「うちは医療法人だから相続税はあまり関係ない」と思っていませんか?もし先生の法人が、平成19年(2007年)3月以前に設立された「持分あり医療法人」である場合、将来ご家族に数千万円から数億円という高額な相続税がのしかかる可能性があります。気づいた時には手遅れにならないよう、出資持分に潜むリスクと、今からできる具体的な対策について一緒に確認していきましょう。

持分あり医療法人(経過措置医療法人)とは?

まずは、「持分あり医療法人」がどのような制度なのか、その基本的な仕組みを見ていきましょう。

持分あり医療法人の仕組み

持分あり医療法人とは、設立時に出資した金額に応じて、出資者が出資持分という財産的な権利を持っている法人のことです。株式会社の「株式」と似たような性質を持ちます。出資者は法人に対して、退社する際に出資割合に応じた財産の払戻しを請求したり、法人が解散したときに残った財産を分配してもらったりする権利を持っています。

なぜ「経過措置医療法人」と呼ばれるの?

実は、平成19年(2007年)4月1日の医療法改正により、新しく持分あり医療法人を設立することはできなくなりました。医療機関の非営利性を高めることが目的です。しかし、それ以前に設立された法人がすぐに消滅するわけではなく、当分の間はそのままの形態で存続することが認められています。この一時的な措置として存続しているため、経過措置医療法人と呼ばれています。

持分なし医療法人との違い

現在新しく設立できるのは「持分なし医療法人」だけです。両者の最も大きな違いは、出資者に財産権があるかどうかです。この違いをわかりやすく表にまとめました。

持分あり医療法人 持分なし医療法人
出資持分(財産権)がある 出資持分(財産権)がない
出資持分が相続財産の対象になる 相続財産の対象にならない
退社時に財産の払戻請求ができる 退社時に財産の払戻請求ができない

持分あり医療法人の相続税リスク

ここからが非常に重要なお話です。なぜ持分あり医療法人が高額な相続税リスクを抱えているのか、その具体的な理由を3つのポイントに分けてご説明します。

出資持分が相続財産になる

最大のリスクは、理事長先生がお亡くなりになった際、所有していた出資持分が預貯金や不動産と同じように相続財産として課税対象になることです。持分なし医療法人であれば出資持分がないためこのリスクはありませんが、持分ありの場合は避けられない大きな問題となります。

出資持分の評価額が高額になりやすい理由

相続税を計算する際、出資持分は設立当初の出資額(たとえば1,000万円)ではなく、相続が発生した時点の時価(純資産価額)で評価されます。医療法人は利益を配当として分配できないため、長年の黒字経営で内部留保(現預金や不動産など)が雪だるま式に蓄積されます。そのため、純資産が3億円、5億円と膨らみ、当初の出資額から数十倍に跳ね上がっているケースが非常に多いのです。

相続税が払えない「納税資金問題」

仮に出資持分の評価額が3億円となり、最高税率等の諸条件を加味して50%の税率が適用され、1億5,000万円の相続税がかかるとします。しかし、出資持分は上場株式のように市場で売却して現金化できません。評価額は高くても手元に現金がないため、納税資金が不足するという事態に陥ります。最悪の場合、ご家族が借金をして納税したり、病院の土地建物を手放したりしなければならない危険性があります。

出資持分の評価方法

高額になりやすい出資持分ですが、具体的にどのように評価されるのでしょうか。対策を練る上で、計算の仕組みを知っておくことが大切です。

原則的な評価方法

出資持分は、非上場株式の評価方法に準じて計算されます。代表的なのは、法人の総資産から負債を差し引いた純資産額を基に評価する純資産価額方式と、事業内容が似ている上場企業の株価を参考にする類似業種比準価額方式です。内部留保がたっぷりある医療法人では、純資産価額方式の割合が高くなると評価額が跳ね上がる傾向にあります。

特例的な評価方法

特定の条件を満たす場合、過去の配当金額をベースにする配当還元方式という特例的な計算方法を使えることがあります。この方法を使えば、原則的な評価方法よりも評価額を大幅に低く抑えられる可能性があります。ただし、適用要件が非常に厳しいため、専門家の慎重な判断が必要です。

相続税リスクへの具体的な対策

手遅れになる前に、生前のうちから取り組める具体的な対策を3つご紹介します。法人の財務状況に合わせて最適な方法を選びましょう。

生前に出資持分を贈与する

後継者であるご親族へ、出資持分を生前に少しずつ移転する方法です。年間110万円の非課税枠を使う暦年贈与や、累計2,500万円まで非課税で贈与できる相続時精算課税制度などを活用します。ただし、出資持分の評価額が数億円に達している場合、この方法だけでは時間がかかりすぎて根本的な解決にはなりにくい点に注意が必要です。

退職金で出資持分の評価額を下げる

理事長先生が退任される際、法人から適正な範囲内で死亡退職金ではなく生前退職金を受け取る方法です。たとえば1億円の退職金を支給すれば、法人の経費となって純資産が減るため、出資持分の評価額を大きく引き下げることができます。受け取る側も退職所得控除という税制優遇を受けられるため、非常に効果的な節税対策となります。

持分なし医療法人へ移行する

最も抜本的な解決策は、思い切って持分なし医療法人へ移行することです。出資持分という財産権そのものを放棄するため、将来の相続税の不安をゼロにすることができます。国もこの移行を後押ししており、令和8年(2026年)12月31日までに認定医療法人の制度を活用すれば、移行時にかかる高額なみなし贈与税を非課税にすることができます。

持分なし医療法人へ移行するメリットとデメリット

根本的な解決策である「持分なし医療法人」への移行ですが、良いことばかりではありません。決断する前にメリットとデメリットをしっかり比較しましょう。

移行のメリット

最大のメリットは、やはり相続税リスクから完全に解放されることです。出資持分がなくなるため、後継者が多額の税金に悩まされることなく、スムーズに病院の経営を引き継ぐことができます。また、退社時の数億円規模の払戻し請求による法人の資金流出リスクもなくなるため、地域医療を安定して継続できる強い財務基盤を守れます。

移行のデメリットと注意点

最も大きなデメリットは、個人の財産権をすべて放棄しなければならない点です。法人が将来解散しても、残った財産は国や地方公共団体に帰属し、一円も手元に戻ってきません。また、認定医療法人の要件を満たさずに移行してしまうと、法人に対して多額の贈与税が課税されるリスクがあるため、手続きには細心の注意と専門的な知見が求められます。

まとめ

持分あり医療法人の出資持分は、長年の地域医療への貢献の証であると同時に、放置すればご家族を苦しめる高額な相続税の火種になりかねません。法人の純資産が増えれば増えるほど、そのリスクは膨らんでいきます。しかし、退職金の支給や認定医療法人制度を活用した移行など、生前であれば打てる手はいくつもあります。手遅れになる前に、具体的な評価額を算出し、ご家族と病院の未来を守るための第一歩を踏み出しましょう。

参考文献

厚生労働省: 持分の定めのない医療法人への移行に関する計画の認定制度について

持分あり医療法人の相続税リスクに関するよくある質問まとめ

Q.なぜ持分あり医療法人は相続税が高額になるのですか?

A.医療法人の利益は配当できず内部留保として蓄積されるため、長年の経営で法人の純資産が増加します。出資持分はこの純資産を基に相続開始時の時価で評価されるため、当初の出資額から数十倍に高騰し、多額の相続税が課されるからです。

Q.出資持分の払戻しリスクとはどのようなものですか?

A.退社する出資者やその相続人が、現在の法人の純資産額に応じた出資持分の払戻しを請求できる権利のことです。法人の純資産が数億円ある場合、多額の現金が一度に流出し、病院の経営が立ち行かなくなる危険性があります。

Q.経過措置医療法人とは何のことですか?

A.平成19年(2007年)の医療法改正以前に設立された「持分あり医療法人」のことです。現在は新設できませんが、既存の法人は当分の間、経過的な措置としてそのまま存続することが認められているためこのように呼ばれます。

Q.持分あり医療法人の相続税対策にはどのような方法がありますか?

A.主な対策として、生前贈与による持分の移転、適正な退職金支給による法人の純資産額の引き下げ、そして最も抜本的な解決策である「持分なし医療法人」への移行(認定医療法人制度の活用)などが挙げられます。

Q.持分なし医療法人へ移行する一番のメリットは何ですか?

A.出資持分という財産権の概念がなくなるため、将来的な出資持分に対する相続税リスクや、退社時の払戻しによる法人の資金流出リスクを完全にゼロにできる点です。これにより、後継者への事業承継が非常にスムーズになります。

Q.持分なし医療法人へ移行する際の注意点はありますか?

A.移行すると出資者の財産権をすべて放棄することになり、法人が解散しても残余財産は国などに帰属します。また、国の認定を受けずに移行すると法人に多額の贈与税が課される可能性があるため、慎重な手続きが必要です。

事務所概要
社名
税理士法人プライムパートナーズ
住所
〒107-0052
東京都港区赤坂5丁目2−33
IsaI AkasakA 17階
対応責任者
税理士 島本 雅史

本記事は正確な情報提供を心掛けておりますが、執筆時点の情報に基づいているため、法改正や人的ミス、個別のケースにより適用が異なる可能性があります。最新の情報や具体的なご相談については、お気軽に弊法人の税理士までお問い合わせください。

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