合同会社とは？社員の意味と株式会社との違い、税務上の扱いを税理士が解説

この記事は、合同会社の設立や法人化を検討している事業者・経営者の方、合同会社の経理を担当する方に向けて書いています。「合同会社の「社員」は従業員のことなのか」「株式会社と比べて何が違うのか」「税金の扱いは株式会社と変わるのか」と疑問に感じる方は少なくありません。

結論からお伝えします。合同会社とは、会社法に定められた会社の一つで、出資者である社員の全員が有限責任を負い、原則としてその社員自身が経営も担う法人です。ここでいう社員は出資者のことであり、雇用されて働く従業員ではありません。そして税務上は、合同会社も株式会社と同じように法人税が課税され、業務を執行する社員は法人税法上の役員として扱われます。以下、会社法と国税庁の一次情報に沿って順に整理します。

合同会社とは

まずは、会社法のなかで合同会社がどのような位置づけにあるのかを確認します。

会社法上の4つの会社と持分会社

会社法でいう「会社」とは、株式会社・合名会社・合資会社・合同会社の4種類ですe-Gov法令検索　会社法第2条。このうち合名会社・合資会社・合同会社の3つは、まとめて持分会社と呼ばれます。持分会社を設立するには、社員になろうとする人が定款を作成し、その全員が署名または記名押印しますe-Gov法令検索　会社法第575条。

株式会社が「出資者（株主）」と「経営者（取締役）」を分ける仕組みを前提にしているのに対し、持分会社は出資者自身が経営を担うことを前提にした会社です。合同会社は、その持分会社のうち社員全員が有限責任となる形態にあたります。

持分会社の種類	社員の責任
合名会社	社員の全部が無限責任社員
合資会社	社員の一部が無限責任社員、その他が有限責任社員
合同会社	社員の全部が有限責任社員

合同会社とは法人であること

「合同会社は個人事業の延長のようなもので、法人ではないのでは」と誤解されることがありますが、会社法は会社は法人とすると定めていますe-Gov法令検索　会社法第3条。合同会社も株式会社と同じく、会社名義で契約を結び、財産を持ち、法人として税金を納める主体になります。

合同会社は、本店の所在地で設立の登記をすることによって成立しますe-Gov法令検索　会社法第579条。設立や社員の加入・退社、組織変更などの登記申請書の様式は、法務局のページに持分会社の手続としてまとめられています法務局　持分会社（合同会社・合名会社・合資会社）。

社員全員が有限責任

合同会社を設立する場合、定款には社員の全部を有限責任社員とする旨を記載しなければなりませんe-Gov法令検索　会社法第576条。有限責任社員は、出資の価額（すでに会社に履行した分を除きます）を限度として会社の債務を弁済する責任を負いますe-Gov法令検索　会社法第580条。

さらに合同会社では、社員になろうとする人は、設立の登記をする時までに出資に係る金銭の全額を払い込むか、金銭以外の財産の全部を給付しなければなりませんe-Gov法令検索　会社法第578条。出資を履行し終えた社員は、会社の債務について出資額を超えて責任を負わない、というのが有限責任の意味です。ただし、金融機関からの借入れで代表者が個人保証をした場合は、その保証契約に基づく責任を個人として負う点は株式会社と変わりません。

合同会社の社員とは

合同会社について最も誤解が多いのが「社員」という言葉です。日常会話の「社員」とは意味がまったく異なります。

社員と従業員の違い

合同会社の社員とは、会社に出資した人（法人を含みます）のことです。定款には社員の氏名または名称と住所、出資の目的とその価額を記載します。株式会社に置き換えると、株主に近い立場です。

一方、会社と雇用契約を結んで働く人は従業員（使用人）であり、合同会社の会社法上の「社員」ではありません。合同会社で働く従業員を一般に「社員」と呼ぶことはありますが、法律上の社員とは別の存在です。

合同会社の社員	合同会社の従業員
会社に出資した人（法人も可）	会社と雇用契約を結んで働く人
定款に氏名・出資の価額が記載される	定款には記載されない
原則として業務を執行し、利益の配当を受ける	労務の対価として給与を受ける

業務執行社員と代表社員

合同会社の社員は、定款に別段の定めがある場合を除き、会社の業務を執行します。社員が2人以上いれば、業務は原則として社員の過半数で決定しますe-Gov法令検索　会社法第590条。業務を執行する社員（業務執行社員）は各自が会社を代表しますが、定款または定款の定めに基づく社員の互選によって、業務執行社員の中から会社を代表する社員（代表社員）を定めることができますe-Gov法令検索　会社法第599条。

イメージとしては、業務執行社員が株式会社の取締役、代表社員が代表取締役に近い立場です。定款で何も定めずに複数の社員で設立すると、出資者全員が業務執行社員となり、それぞれが会社を代表することになります。業務執行社員の義務や登記、税務上の扱いの詳細は次のコラムで解説しています。

関連コラム合同会社の業務執行社員とは？代表社員との違いと税務上の役員の扱い▸

定款自治という合同会社の特徴

合同会社の大きな特徴は、会社の内部のルールを定款で柔軟に決められる点です。これを定款自治と呼びます。定款の変更は、定款に別段の定めがない限り総社員の同意で行いますe-Gov法令検索　会社法第637条。

利益の分配割合を定款で決められる

社員は会社に対して利益の配当を請求することができ、配当の請求方法などは定款で定めることができますe-Gov法令検索　会社法第621条。そして、損益分配の割合について定款の定めがないときは、各社員の出資の価額に応じて定めるとされていますe-Gov法令検索　会社法第622条。

裏を返せば、定款に定めを置けば、出資の割合とは異なる割合で利益を分配することもできます。株式会社の剰余金の配当が、原則として株主の持つ株式の数に応じて割り当てる仕組みであるのとは対照的ですe-Gov法令検索　会社法第454条。

持分の譲渡には他の社員全員の承諾

社員は、他の社員全員の承諾がなければ、持分の全部または一部を他人に譲渡することができません。業務を執行しない社員の持分は業務執行社員全員の承諾で譲渡できるなど、定款で別段の定めをすることも認められていますe-Gov法令検索　会社法第585条。株式会社の株主が原則としてその株式を譲渡できるe-Gov法令検索　会社法第127条のと比べると、顔ぶれの決まった少人数で運営することを前提にした仕組みといえます。

社員の死亡と持分の承継

見落とされやすいのが、社員が亡くなったときの扱いです。合同会社の社員は、死亡によって退社しますe-Gov法令検索　会社法第607条。ただし、社員が死亡した場合に相続人などがその持分を承継する旨を、あらかじめ定款で定めておくことができますe-Gov法令検索　会社法第608条。

この定めがない場合、退社した社員は持分の払戻しを受けることができ、計算は退社の時の会社の財産の状況に従って行いますe-Gov法令検索　会社法第611条。株式会社の株式は通常、相続によって相続人に引き継がれるのに対し、合同会社では定款の書き方によって結果が変わる点に注意が必要です。

合同会社と株式会社の違い

ここまでの内容を踏まえて、株式会社との主な違いを整理します。どちらも法人で、出資者が有限責任である点は共通しています。株主の責任も、その有する株式の引受価額が限度ですe-Gov法令検索　会社法第104条。違いは主に、会社の運営の仕組みにあります。

合同会社	株式会社
出資者（社員）が原則として自ら経営する	出資者（株主）が取締役を選び、経営を任せる
定款に公証人の認証は不要	設立時の定款は公証人の認証が必要
利益の分配割合を定款で定められる	剰余金の配当は原則として株式の数に応じる
持分の譲渡には原則として他の社員全員の承諾が必要	株式は原則として自由に譲渡できる
業務執行社員に法定の任期はない	取締役に任期がある（原則2年）
決算公告の義務の規定はない	定時株主総会後に貸借対照表の公告が必要

定款の認証

株式会社の設立時の定款は、公証人の認証を受けなければ効力を生じませんe-Gov法令検索　会社法第30条。持分会社の設立について定めた規定には、この認証の手続は置かれていません。そのぶん設立の手続はシンプルですが、定款の内容は社員同士で十分に詰めておく必要があります。

役員の任期と決算公告

株式会社の取締役には任期があり、原則は選任から2年以内に終わる最後の事業年度について開く定時株主総会が終わるまでです。発行するすべての株式に譲渡制限を設けている株式会社（公開会社でない株式会社）であれば、定款によって10年以内まで延ばせますe-Gov法令検索　会社法第332条。合同会社の業務執行社員には、会社法上こうした任期の定めはありません。

また、株式会社には、定時株主総会が終わったあと、すみやかに貸借対照表を公告する義務がありますe-Gov法令検索　会社法第440条。これは株式会社についての規定で、合同会社には適用されません。ただし、合同会社も各事業年度の計算書類を作成し、作成した時から10年間保存する義務がありますe-Gov法令検索　会社法第617条。公告がないことは、決算書を作らなくてよいという意味ではありません。

株式会社への組織変更

合同会社として設立したあとでも、組織変更の手続によって株式会社に移行することができます。持分会社が組織変更をする場合は、組織変更後の株式会社の目的・商号・発行可能株式総数や取締役の氏名などを定めた組織変更計画を作成しますe-Gov法令検索　会社法第746条。事業の拡大や外部からの出資の受入れを見据えて、まず合同会社で始めるという選択肢もあります。

合同会社の税務上の扱い

「合同会社は株式会社より税金が軽い」「出資者が経営するから個人事業と同じ扱い」といった声を耳にすることがありますが、税務上は株式会社と同じ枠組みで課税されます。ここからは税務の取扱いを確認します。

法人税は株式会社と同じく課税

法人税法では、内国法人は法人税を納める義務があるとされていますe-Gov法令検索　法人税法第4条。国内に本店を置く合同会社は内国法人にあたるため、株式会社と同じく各事業年度の所得に法人税がかかり、事業年度終了の日の翌日から2か月以内に確定申告書を提出しますe-Gov法令検索　法人税法第74条。

税率も会社の種類ではなく、資本金の額または出資金の額などで区分されます。令和7年4月1日以後に開始する事業年度では、各事業年度終了の時の資本金の額または出資金の額が1億円以下の普通法人などは、所得のうち年800万円以下の部分が15％（所得金額が年10億円を超える事業年度は17％）、年800万円超の部分が23.2％です。ただし、大法人に完全支配されている法人などは対象から除かれ、適用除外事業者は年800万円以下の部分も19％となります国税庁　No.5759 法人税の税率。合同会社も資本金の額が登記事項とされておりe-Gov法令検索　会社法第914条、その額などで判定します。

たとえば、出資金が1億円以下で軽減税率の対象となる合同会社の、ある事業年度の所得金額が1,000万円だったとします（金額は説明のための例で、地方法人税や住民税・事業税は含みません）。

800万円 × 15％＝ 120万円

（1,000万円 − 800万円） × 23.2％＝ 46万4,000円

120万円＋ 46万4,000円＝法人税額166万4,000円

同じ条件の株式会社でも、法人税額の計算は同じです。合同会社を選んだことで法人税そのものが軽くなるわけではありません。

業務執行社員は法人税法上の役員

法人税法上の役員には、取締役や監査役のほか、使用人以外の者で法人の経営に従事しているものが含まれます。国税庁は、その例として合名会社、合資会社および合同会社の業務執行社員を挙げています国税庁　No.5200 役員の範囲。合同会社には「取締役」という肩書がありませんが、業務執行社員や代表社員は税務上の役員として扱われます。

また、合同会社の業務執行社員は使用人兼務役員になれないとされています国税庁　No.5205 役員のうち使用人兼務役員になれない人。社内で「部長」などの肩書を付けて現場の仕事をしていても、業務執行社員である限り、その人への給与はすべて役員給与として判定されます。

役員給与の損金算入のルール

役員に支払う給与のうち、定期同額給与、事前確定届出給与、一定の業績連動給与のいずれにも該当しないものは損金の額に算入されません。これらに該当する給与であっても、不相当に高額な部分の金額は損金の額に算入されません国税庁　No.5211 役員に対する給与（平成29年4月1日以後支給決議分）。

定期同額給与の額を改定できるのは、原則として事業年度開始の日の属する会計期間開始の日から3か月を経過する日までです。期の途中で「利益が出そうだから報酬を上げる」と増額すると、増額分が損金に算入されない可能性があります。業務執行社員の報酬額の決め方や届出の考え方は、次のコラムで詳しく説明しています。

関連コラム合同会社の役員報酬と税務署への届出｜金額の考え方を税理士が解説▸

社員への利益の配当は損金にならない

法人税法では、法人が行う利益または剰余金の分配は資本等取引にあたり、損金の額に算入されませんe-Gov法令検索　法人税法第22条。定款で自由に分配割合を決められるとしても、社員への利益の配当で会社の所得を減らすことはできません。

配当を受け取った社員の側では、出資者が法人から受ける利益の配当として配当所得になります国税庁　No.1330 配当金を受け取ったとき(配当所得)。役員給与は「経営という職務の対価」、利益の配当は「出資に対する利益の分配」であり、会社と受け取る人の双方で税金の扱いが異なります。

法人税の課税	株式会社と同じく、各事業年度の所得に課税される
税率の区分	会社の種類ではなく、出資金の額などで判定する
業務執行社員・代表社員	法人税法上の役員。使用人兼務役員にはなれない
業務執行社員への報酬	役員給与として、定期同額給与などに該当するものだけ損金に算入
社員への利益の配当	会社の損金にならず、受け取った社員の配当所得になる

実務での取り扱い例

設立のご相談で多いのは、「家族にも出資してもらい社員に入れたところ、定款に業務執行社員の定めがなく、家族全員が業務執行社員になっていた」というケースです。この場合、出資だけのつもりだった家族も税務上は役員として扱われます。その家族に給与を支払っていれば、定期同額給与などの要件を満たさない部分は損金に算入されない可能性があり、使用人としての給与と整理することもできません。

反対に、定款で業務執行社員を代表者1人に限定しておけば、他の家族は業務執行社員であることを理由に役員とされることはありません。ただし同族会社では、出資の割合などの要件を満たし、かつ経営に従事している使用人は役員とみなされるため、実際に経営の意思決定に関わっていないかどうかもあわせて確認します。

もう一つ、不動産などを管理する資産管理会社を合同会社で設立する場合には、社員の死亡時の定めが重要になります。定款に持分を相続人が承継する旨の定めがなければ、社員の死亡によって退社となり、持分の払戻しの問題が生じます。親が出資者で、将来は子に引き継ぎたいと考えている場合は、設立時の定款で承継の定めを置くかどうかを検討しておくことをおすすめします。

合同会社を選ぶときの検討ポイント

合同会社と株式会社のどちらが適しているかは、事業の内容や将来の計画によって変わります。検討の際は、次の点を整理しておくと判断しやすくなります。

出資者と経営者が同じか、将来は外部から出資を受けたり経営者を招いたりする予定があるか
出資の割合と異なる割合で利益を分配したい事情があるか
誰を業務執行社員・代表社員にし、誰が出資だけの社員になるか
業務執行社員の報酬を、役員給与の要件を満たす形で決められるか
社員が亡くなったときに、持分を相続人に承継させたいか

なお、個人事業から法人に切り替えるかどうか自体の判断は、合同会社か株式会社かという選択とは別の論点です。所得の水準や社会保険、手続の負担などを含めた法人成りの判断基準は、次のコラムで整理しています。

関連コラム法人成りのメリット・デメリット｜判断基準とタイミングを税理士が解説▸

定款の定め方は、設立後の役員給与や持分の承継といった税務・相続の問題に直結します。法人化や資産管理会社の設立を検討されている場合は、定款を作る前の段階で、まずは税理士にご相談ください。

まとめ

合同会社とは、会社法に定められた持分会社の一つで、出資者である社員の全員が有限責任を負い、原則として社員自身が業務を執行する法人です。合同会社の社員は出資者を指し、雇用されて働く従業員とは異なります。利益の分配割合や持分の承継などを定款で柔軟に決められる一方、持分の譲渡には原則として他の社員全員の承諾が必要です。

税務上は、合同会社も株式会社と同じく法人税が課税され、税率は出資金の額などで区分されます。業務執行社員は法人税法上の役員にあたり、報酬は定期同額給与などの要件を満たす形で支払う必要があります。社員への利益の配当は会社の損金にならず、受け取った社員の配当所得になります。

どの形が最適かは、出資者の構成や将来の事業計画によって変わります。具体的なケースは税理士へのご相談をおすすめします。

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参考文献

合同会社とはのよくある質問まとめ

Q.合同会社とは簡単にいうとどのような会社ですか？

A.会社法に定められた持分会社の一つで、出資者である社員の全員が有限責任を負い、原則として社員自身が経営も担う法人です。利益の分配割合などを定款で柔軟に決められる点が特徴です。

Q.合同会社の社員と従業員は何が違いますか？

A.合同会社の社員は会社に出資した人のことで、株式会社の株主に近い立場です。会社と雇用契約を結んで働く従業員は、会社法上の社員ではありません。

Q.合同会社は法人ですか？

A.法人です。会社法は会社を法人とすると定めており、合同会社も株式会社と同じく会社名義で契約や財産の所有ができ、法人として税金を納めます。

Q.合同会社の法人税は株式会社より安いですか？

A.安くはありません。合同会社も株式会社と同じく法人税が課税され、税率は会社の種類ではなく出資金の額などで区分されます。

Q.合同会社の業務執行社員は税務上の役員になりますか？

A.なります。国税庁は法人税法上の役員の例として合同会社の業務執行社員を挙げています。報酬は役員給与として、定期同額給与などの要件を満たすものだけが損金に算入されます。

Q.合同会社の社員への利益の配当は経費になりますか？

A.なりません。利益の配当は資本等取引にあたり、会社の損金には算入されません。受け取った社員の側では配当所得になります。

本記事は正確な情報提供を心掛けておりますが、執筆時点の情報に基づいているため、法改正や人的ミス、個別のケースにより適用が異なる可能性があります。最新の情報や具体的なご相談については、お気軽に弊法人の税理士までお問い合わせください。