e-Tax確定申告書等作成コーナーの最後に納付する金額とは｜内訳と期限

この記事は、確定申告書等作成コーナーで所得税の確定申告書を作っている個人事業主の方、副業のある会社員の方、経理担当の方に向けたものです。「入力を終えたら最後の画面に納付する金額が表示されたが、この金額は何なのか、いつまでにどう払えばよいのか分からない」という疑問にお答えします。

結論からお伝えすると、作成コーナーの最後に表示される納付する金額は、基本的に確定申告書第一表の「第3期分の税額」のうち「納める税金」にあたる金額です。所得税と復興特別所得税の合計から源泉徴収税額などを差し引いた「申告納税額」から、さらに予定納税額を差し引いた残りで、確定申告によって納める最終的な金額を指します。令和8年分の確定申告では、原則として令和9年3月15日（月）までに、ご自身で選んだ方法で納付します。

作成コーナーの最後に表示される納付する金額とは

作成コーナーでは、収入や所得控除を入力していくと税額が自動で計算され、最後に計算結果を確認する画面が表示されます。画面上の表示名は年分や入力内容によって多少異なりますが、ここで「納付する金額」として示される数字は、印刷・送信される確定申告書第一表の計算結果と同じものです。「この金額をそのまま払えばよいのか」「源泉徴収された分や予定納税で払った分は反映されているのか」と不安に感じる方も多いはずですので、まず金額の中身を整理します。

第3期分の税額との関係

確定申告書第一表の「第3期分の税額」とは、「申告納税額」から所得税等の予定納税額（第1期分・第2期分）を差し引いた額で、確定申告により納付する、または還付されるものをいいます。差し引いた金額が黒字であれば100円未満の端数を切り捨てた金額を「納める税金」欄に、赤字であればそのままの金額を「還付される税金」欄に記入する仕組みです国税庁　手順4　税金の計算をする。作成コーナーの最後に表示される納付する金額は、この「納める税金」欄の金額にあたります。

所得税の確定申告は、1年間の所得と税額を確定させる手続であり、源泉徴収された税金や予定納税額などがある場合には、この確定申告によって過不足を精算すると定められています国税庁　No.2020 確定申告。つまり、納付する金額は年間の税額そのものではなく、すでに差し引かれた分や前払いした分を精算したあとの「残り」です。

納付する金額が決まるまでの計算の流れ

具体的な数字で流れを確認します。以下は説明のための設例で、令和8年分の確定申告をする個人事業主の方を想定しています。所得税額（基準所得税額）が480,000円、取引先から報酬を受け取る際に源泉徴収された税額が30,630円、予定納税で第1期分・第2期分として各100,000円を納めていたケースです。

この設例では、作成コーナーの最後に表示される納付する金額は259,400円です。年間の税額は490,080円でも、源泉徴収と予定納税ですでに230,630円を負担しているため、確定申告で納めるのは残りの259,400円となります。

復興特別所得税を含む金額

納付する金額には、所得税だけでなく復興特別所得税も含まれています。令和8年分の確定申告では、所得税と復興特別所得税（原則としてその年分の基準所得税額の2.1パーセント）を併せて申告・納付することとされています国税庁　No.2260 所得税の税率。作成コーナーでは自動で計算されるため別途入力する必要はありませんが、手計算した所得税額と画面の金額が合わないときは、この2.1パーセント分が上乗せされていないかを確認すると差額の理由が分かることがあります。なお、同じページでは令和9年1月1日以後に生ずる所得について復興特別所得税の税率の見直しと防衛特別所得税の創設が案内されていますので、令和9年分以降はその年分の案内を確認してください。

納付する金額の納付期限

令和8年分の所得税及び復興特別所得税の納期限と振替日は、次のとおり公表されています国税庁　主な国税の納期限（法定納期限）及び振替日。個人事業者の消費税及び地方消費税は、所得税とは別の金額・別の期限で納めます。

期限が土曜日、日曜日、国民の祝日・休日にあたる場合は、その翌日が納期限となります。

関連コラム所得税はいつ払う？確定申告の税金・納付期限は3月15日、振替は4月下旬▸

納付書が届かない点への注意

申告書の提出後に、税務署から納付書の送付や納税通知書等によるお知らせはありません国税庁　【税金の納付】。作成コーナーで申告書を送信・提出しただけでは納付は終わっておらず、表示された納付する金額をご自身で期限までに納める必要があります。住民税のように後日通知が届くものと混同しやすいため、提出した日に納付方法まで決めておくことをおすすめします。

納付する金額の納付手段

確定申告で納める所得税等は、次の方法から選んで納付します。手段によって利用できる金額の上限や事前の手続が異なります。

振替納税は、申告期限までに申告書を提出した場合に限り利用できます国税庁　納付の方法。また、ダイレクト納付は届出書を提出してから利用できるようになるまで、書面提出であれば1か月程度かかるため、確定申告期間中に届け出ても、その年の確定申告分には間に合わないことがあります。初めて口座からの引落しを使う場合は、時間に余裕をもって準備してください。

関連コラム税金を税務署で払う方法｜窓口納付の可否と納付手段の選び方を税理士が解説▸

納付する金額による手段の絞り込み

納付手段を選ぶときは、作成コーナーの最後に表示された金額を基準に考えると迷いにくくなります。先の設例（259,400円）のように30万円以下であれば、スマホアプリ納付やコンビニ納付も選択肢に入ります。30万円を超える場合は、振替納税、ダイレクト納付、インターネットバンキング等、クレジットカード納付、窓口納付のいずれかとなります。期限ぎりぎりに作成コーナーで申告を終える場合は、口座の事前届出が要らないインターネットバンキング等、クレジットカード納付、窓口納付などのほうが期限内に納めやすくなります。

一度に払えない場合の延納

納付する金額が想定より大きく、期限までに全額を用意するのが難しい場合は、延納という制度があります。所得税等の確定申告では、納期限まで（振替納税の場合は振替日）に納付すべき税額の2分の1以上を納付すれば、残りの税額の納付を5月31日まで延長できます。この場合、延納期間中は利子税がかかり、令和7年分の延納では年1.3％と案内されていました。

延納する場合は、申告書第一表の延納の届出欄に、延納届出額（第3期分の納める税金の2分の1以下の金額で、千円未満の端数は切捨て）と申告期限までに納付する金額を記入します。利子税の割合は、年7.3％と利子税特例基準割合のいずれか低い割合です国税庁　手順5　延納の届出。先の設例にあてはめると、次のようになります。

なお、納期限までに納付が間に合わなかった場合や、振替日に残高不足等で引落しができなかった場合は、本税と併せて納期限の翌日から完納の日までの延滞税を納付する必要があります。延納は延滞税を避けるための正式な手続ですので、払えないまま期限を過ぎるのではなく、申告の段階で延納を検討してください。

関連コラム延滞税 税率｜割合・計算方法と免除されるケースを税理士が解説▸

金額が想定と違う場合の確認ポイント

「思っていたより納付する金額が多い」「前年と比べて急に増えた」と感じたときは、送信や納付の前に入力内容を確認します。確認したい主な項目は次のとおりです。

予定納税は、前年分の申告納税額などをもとにした予定納税基準額が15万円以上となる方が、その年の所得税等の一部をあらかじめ納める制度で、翌年の確定申告で計算した税額から予定納税額を差し引いて過不足を精算します国税庁　No.2040 予定納税。国税庁の説明書でも、確定申告の際に通知された予定納税額の合計欄の金額を申告しないと、納める税金が過大に計算されてしまうと注意喚起されています国税庁　令和8年分 予定納税について。

また、所得税等の確定申告書を提出すると、その内容は地方公共団体へデータで送信され、住民税や事業税の税額は都道府県や市区町村が計算してそれぞれ納税者に通知します国税庁　手順6　住民税、事業税に関する事項を記入する。作成コーナーの納付する金額は国税である所得税等の金額であり、住民税や事業税はあとから別に届く通知で納めることになります。

実務で多い相談例

実務では、「作成コーナーで計算した納付する金額が前年の倍近くになった」というご相談がよくあります。確認すると、前年の所得が増えたことで予定納税の対象になり、7月と11月に予定納税を納めていたのに、その金額を確定申告で入力していなかったというケースが少なくありません。たとえば先の設例で予定納税額200,000円の入力が漏れると、納付する金額は459,400円と表示され、すでに納めた200,000円を二重に払う計算になってしまいます。

副業のある会社員の方では、本業の給与の源泉徴収税額は入力したものの、副業先から受け取った報酬で源泉徴収された税額を入力し忘れている例も見られます。申告相談で多いのは、こうした「差し引く側」の入力漏れです。画面の金額が想定より大きいときは、まず予定納税額と源泉徴収税額の2つを見直すと原因にたどり着きやすくなります。

提出後に誤りに気付いた場合の訂正手続

申告書の提出後に誤りに気付いた場合は、内容に応じて訂正します。納める税金が多過ぎた場合は更正の請求ができる場合があり、請求できる期間は原則として法定申告期限から5年以内です。反対に、納める税金が少な過ぎた場合は修正申告により訂正し、新たに納める税金は修正申告書を提出する日が納期限となります国税庁　No.2026 確定申告を間違えたとき。税務署からの調査の事前通知の前に自主的に修正申告をした場合は、過少申告加算税はかかりません。誤りに気付いた時点で早めに対応することが大切です。

還付される金額が表示された場合

作成コーナーの最後に、納付する金額ではなく「還付される金額」が表示されることもあります。これは、源泉徴収税額や予定納税額が申告納税額を上回り、第3期分の税額が赤字になった状態で、払い過ぎた税金が戻ってくることを意味します。還付金は、申告書に記入した金融機関の預貯金口座に振り込まれます国税庁　還付金の受取方法。この場合は納付の手続は不要ですが、口座情報の入力誤りがないかを提出前に確認してください。

まとめ

確定申告書等作成コーナーの最後に表示される納付する金額は、確定申告書第一表の「第3期分の税額（納める税金）」にあたり、所得税と復興特別所得税の合計から源泉徴収税額などを差し引いた申告納税額から、さらに予定納税額を差し引いた残りの金額です。令和8年分は原則として令和9年3月15日（月）が納期限で、納付書は届かないため、振替納税・ダイレクト納付・クレジットカード納付・コンビニ納付・窓口納付などからご自身で手段を選んで納めます。

一度に払うのが難しい場合は2分の1以上を期限内に納めて延納を使う方法があり、金額が想定と違う場合は予定納税額と源泉徴収税額の入力漏れを最初に確認します。予定納税の精算や延納の判断、提出後の訂正など、個別の事情で取り扱いが変わる点も多いため、迷ったときはまずは税理士にご相談ください。

この記事を読んだ方へ

Income Tax 所得税・確定申告のご相談 判断に迷ったら、まずは税理士にご相談ください。オンラインでも対応しています。 個人のお客様へ→ Contact 税理士に無料で相談する フォームは24時間受付。1営業日以内にご返信します。 無料相談フォームへ→

参考文献

• 国税庁　手順4　税金の計算をする
• 国税庁　No.2020 確定申告
• 国税庁　No.2260 所得税の税率
• 国税庁　主な国税の納期限（法定納期限）及び振替日
• 国税庁　【税金の納付】
• 国税庁　納付の方法
• 国税庁　手順5　延納の届出
• 国税庁　No.2040 予定納税
• 国税庁　令和8年分 予定納税について
• 国税庁　手順6　住民税、事業税に関する事項を記入する
• 国税庁　No.2026 確定申告を間違えたとき
• 国税庁　還付金の受取方法

確定申告書等作成コーナーの納付する金額のよくある質問まとめ

Q.確定申告書等作成コーナーの最後に表示される納付する金額とは何ですか。

A.確定申告書第一表の「第3期分の税額」のうち「納める税金」にあたる金額です。所得税と復興特別所得税の合計から源泉徴収税額などを差し引いた申告納税額から、さらに予定納税額を差し引いた残りで、確定申告で最終的に納める金額を指します。

Q.納付する金額に住民税は含まれていますか。

A.含まれていません。作成コーナーの納付する金額は国税である所得税と復興特別所得税の金額です。住民税や事業税は、申告内容をもとに都道府県や市区町村が別に計算して通知します。

Q.令和8年分の確定申告で納付する金額はいつまでに払えばよいですか。

A.令和8年分の所得税及び復興特別所得税の納期限は令和9年3月15日（月）です。振替納税を利用している場合の振替日は令和9年4月中旬から下旬とされ、正式な日付は確定次第公表されます。

Q.申告書を提出すれば税務署から納付書が届きますか。

A.届きません。申告書の提出後に、税務署から納付書の送付や納税通知書等によるお知らせはありません。振替納税、ダイレクト納付、クレジットカード納付、コンビニ納付、窓口納付などからご自身で方法を選んで期限までに納付します。

Q.納付する金額を一度に払えない場合はどうすればよいですか。

A.納期限までに納める税金の2分の1以上を納付すれば、残りを5月31日まで延納できます。申告書第一表の延納の届出欄に延納届出額などを記入し、延納期間中は利子税がかかります。

Q.納付する金額が思ったより多い場合は何を確認すればよいですか。

A.まず予定納税額と源泉徴収税額の入力漏れを確認します。予定納税額を入力しないと納める税金が過大に計算されます。提出後に誤りに気付いた場合は、更正の請求や修正申告で訂正します。