法人の消費税｜納税義務の判定（2年前の基準期間）と計算方法を税理士が解説

この記事は、法人の経営者や経理担当者で「自社に消費税の納税義務があるのか」「どの計算方法を選べばよいのか」を整理したい方に向けた解説です。設立間もない会社から、非課税売上げがある会社、インボイス制度への対応を見直したい会社まで、法人の消費税の全体像を1本でつかめるようにまとめました。

結論から言うと、法人の消費税は「①納税義務の判定」「②計算方法の選択」「③インボイスと仕入れの経過措置」「④申告・納付期限」の4段階で考えると整理しやすくなります。納税義務は原則として前々事業年度（基準期間）の課税売上高が1,000万円を超えるかで決まりますが、特定期間や資本金、インボイス登録によって免除されない場合があります。計算方法は一般課税・簡易課税・2割特例から選び、令和8年10月からは免税事業者からの仕入れの控除割合が7割に下がっています。以下、順に確認していきます。

法人の消費税の全体像

消費税は、事業者が国内で行う課税取引の売上げにかかる税額から、仕入れや経費にかかる税額を差し引いて納める仕組みです。法人の場合、まず「その事業年度に納税義務があるか」を判定し、次に「どの方法で仕入税額を計算するか」を決め、最後に期限までに申告・納付します。

税率は標準税率10%（うち消費税7.8%、地方消費税2.2%）と、飲食料品の譲渡などに適用される軽減税率8%（うち消費税6.24%、地方消費税1.76%）の2本立てです。なお、令和9年4月1日から令和11年3月31日までの2年間、飲食料品の譲渡の税率が引き下げられることが国税庁から案内されています。国税庁　No.6303 消費税および地方消費税の税率

消費税の納税義務の判定

法人は、その課税期間の基準期間における課税売上高が1,000万円以下であれば、原則として消費税の納税義務が免除されます。ここでいう基準期間は、事業年度が1年の法人であれば前々事業年度です。国税庁　No.6501 納税義務の免除

基準期間が「2年前」なのはなぜか

「消費税 2年後なぜ」という疑問はよく寄せられます。納税義務の判定を前事業年度ではなく前々事業年度で行うのは、事業年度が始まった時点で、その期に課税事業者になるかどうかが確定している必要があるためと考えられます。前事業年度の売上げは、当期が始まった時点ではまだ決算が締まっておらず、金額が固まっていません。

そのため、売上げが1,000万円を超えた期の「2年後」の期から課税事業者になる、というズレが生じます。逆に、売上げが1,000万円以下に落ちても、すぐには免税事業者に戻らない点にも注意が必要です。この時間差を補うために設けられているのが、次に説明する特定期間の判定です。

特定期間の判定（前事業年度の前半6か月）

基準期間の課税売上高が1,000万円以下であっても、特定期間の課税売上高が1,000万円超なら免税にはなりません。法人の特定期間は、原則としてその事業年度の前事業年度開始の日以後6か月の期間です。特定期間の1,000万円の判定は、課税売上高に代えて給与等支払額の合計額で行うこともでき、どちらで判定するかは納税者の任意とされています。

実務では、設立1期目の前半6か月で売上げが急に伸び、2期目が特定期間の判定で課税事業者になっていたことに、申告の準備段階で気づくケースが少なくありません。1期目の前半の課税売上高と給与等支払額は、期中のうちに両方集計しておくと判定を誤りにくくなります。

設立1期目・2期目の特例（新設法人・特定新規設立法人）

新たに設立された法人は、設立1期目と2期目には基準期間がないため、原則として納税義務が免除されます。ただし、その事業年度開始の日の資本金の額または出資の金額が1,000万円以上である法人（新設法人）は、納税義務が免除されません。資本金1,000万円未満で設立し、1期目の途中で増資して1,000万円以上になった場合は、2期目が課税事業者になります。国税庁　No.6503 基準期間がない法人の納税義務の免除の特例

また、資本金1,000万円未満の新規設立法人でも、課税売上高が5億円を超える会社などに支配されている場合は、特定新規設立法人として納税義務が免除されません。令和6年10月1日以後に開始する課税期間からは、判定対象者の収益の額の合計額が50億円を超える場合も特定新規設立法人に該当します。

納税義務が免除されない主なケースを整理すると、次のとおりです。

基準期間の課税売上高	前々事業年度の課税売上高が1,000万円を超える
特定期間の課税売上高等	前事業年度開始の日以後6か月の課税売上高（または給与等支払額）が1,000万円を超える
新設法人	基準期間がない事業年度の開始の日の資本金の額または出資の金額が1,000万円以上
特定新規設立法人	資本金1,000万円未満でも、課税売上高5億円超などの会社に支配されている
インボイス登録	適格請求書発行事業者の登録を受けている
課税事業者の選択	消費税課税事業者選択届出書を提出して課税事業者となっている

このほか、合併・分割があった場合や、高額特定資産を取得した場合にも、免税事業者になれない期間が生じます。法人成りを検討している段階では、設立時の資本金額をいくらにするかで設立1期目・2期目の扱いが変わるため、早めに確認しておくと安心です。

消費税を払わなくていい法人の条件

「消費税を払わなくていい法人」とは、上の表のどれにも当てはまらない免税事業者のことです。典型的には、資本金1,000万円未満で設立し、特定期間の判定でも1,000万円以下に収まり、インボイス登録をしていない設立1期目・2期目の法人が該当します。

ただし、免税事業者は売上げにかかる消費税を納めない代わりに、仕入れにかかる消費税の還付も受けられません。設備投資が大きく還付が見込まれる期は、課税事業者を選択したほうが有利になる場合がありますが、選択するといったん2年間は免税事業者に戻れない点に注意が必要です。

法人の消費税の計算方法

課税事業者になった法人の計算方法は、大きく「一般課税（原則課税）」「簡易課税」「2割特例」の3つです。それぞれ対象と手続が異なるため、まず比較表で全体を確認します。

計算方法	主な対象	仕入税額の出し方	主な注意点
一般課税	すべての課税事業者	実際の仕入れ等の税額を集計する	帳簿と請求書等の保存が必要
簡易課税	基準期間の課税売上高5,000万円以下で届出をした法人	売上税額にみなし仕入率を掛ける	原則2年間は継続適用
2割特例	インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった法人	売上税額の80%を控除する	法人は令和8年9月30日を含む課税期間まで

一般課税（原則課税）の計算

一般課税では、売上げにかかる消費税額から、仕入れや経費にかかる消費税額（仕入控除税額）を差し引いて納付税額を計算します。課税期間中の課税売上高が5億円以下で、かつ課税売上割合が95%以上の場合は、仕入れ等にかかる消費税額の全額を控除できます。国税庁　No.6401 仕入控除税額の計算方法

たとえば、税抜の課税売上高が5,000万円、税抜の課税仕入れが3,000万円の法人（課税売上割合95%以上、税率はすべて10%）の場合、計算は次のとおりです。ここでは消費税と地方消費税の合計額で示しています。

売上げにかかる税額：5,000万円 × 10% ＝ 500万円

仕入れにかかる税額：3,000万円 × 10% ＝ 300万円

納付税額：500万円 − 300万円＝ 200万円

個別対応方式と一括比例配分方式

課税売上高が5億円を超える場合、または課税売上割合が95%未満の場合は、仕入税額の全額は控除できず、課税売上げに対応する部分だけを控除します。このとき使うのが「個別対応方式」と「一括比例配分方式」です。

個別対応方式は、仕入れ等の税額を「イ課税売上げにのみ要するもの」「ロ非課税売上げにのみ要するもの」「ハ両方に共通して要するもの」に区分し、イの全額とハに課税売上割合を掛けた額を控除します。一括比例配分方式は、区分をせず、仕入れ等の税額の合計に課税売上割合を掛けて控除額を出します。一括比例配分方式を選んだ場合は、2年間以上継続して適用した後でなければ個別対応方式に変更できません。

課税売上割合は、課税売上高（輸出免税売上高を含みます）を、課税売上高・免税売上高・非課税売上高の合計である総売上高で割って求めます。国税庁　No.6405 課税売上割合の計算方法

「消費税合計個別どっち」と迷う場合の考え方を、数字で確認してみます。課税売上高8,000万円、非課税売上高（住宅家賃）2,000万円で、仕入れ等の税額がイ300万円・ロ50万円・ハ100万円の法人を想定します。

課税売上割合：8,000万円 ÷ （8,000万円＋ 2,000万円）＝ 80%

個別対応方式の控除額：300万円＋ 100万円 × 80% ＝ 300万円＋ 80万円＝ 380万円

仕入れ等の税額の合計：300万円＋ 50万円＋ 100万円＝ 450万円

一括比例配分方式の控除額：450万円 × 80% ＝ 360万円

この例では個別対応方式のほうが20万円多く控除できます。一般に、課税売上げにのみ要する仕入れ（イ）の割合が大きいほど個別対応方式が有利になり、非課税売上げにのみ要する仕入れ（ロ）が大きい場合は一括比例配分方式が有利になることがあります。ただし、個別対応方式は日々の取引を3つに区分しておくことが前提なので、事務負担も含めて判断します。

簡易課税制度とみなし仕入率

簡易課税制度は、「消費税簡易課税制度選択届出書」を提出した課税事業者が、基準期間の課税売上高が5,000万円以下の課税期間について、売上げにかかる消費税額にみなし仕入率を掛けた金額を仕入税額として控除できる制度です。実際の仕入れの税額を集計しなくてよいため、事務負担が軽くなります。国税庁　No.6505 簡易課税制度

事業区分	主な業種	みなし仕入率
第1種事業	卸売業	90%
第2種事業	小売業、農業・林業・漁業（飲食料品の譲渡に係る事業に限る）	80%
第3種事業	建設業、製造業など	70%
第4種事業	飲食店業など、他の区分以外の事業	60%
第5種事業	運輸通信業、金融業および保険業、サービス業（飲食店業を除く）	50%
第6種事業	不動産業	40%

たとえば、サービス業（第5種事業）のみを営む法人で、売上げにかかる消費税額が400万円の場合は次のようになります。

仕入控除税額：400万円 × 50% ＝ 200万円

納付税額：400万円 − 200万円＝ 200万円

簡易課税制度を適用するには、原則として適用を受けようとする課税期間の初日の前日までに届出書を提出する必要があり、選択したら原則2年間は継続適用となります。国税庁　令和８年度税制改正特集実際の仕入れが多い年や大きな設備投資を予定している年は、一般課税のほうが納付税額が少なくなることもあるため、届出の前に数期分の見込みで比べておくことが大切です。

2割特例は法人も対象（令和8年9月30日を含む課税期間まで）

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者からインボイス発行事業者として課税事業者になった事業者が、売上げにかかる消費税額の80%を仕入税額として控除できる特例です。法人も対象で、適用できるのは令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日を含む各課税期間です。事前の届出は不要で、確定申告書に適用を受ける旨を付記すれば適用できます。国税庁　２割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要

納付税額：売上げにかかる税額80万円 − 80万円 × 80% ＝ 80万円 − 64万円＝ 16万円

3月決算法人であれば、令和8年4月から令和9年3月までの事業年度（令和9年3月期）が最後の適用対象です。資本金1,000万円以上の新設法人や、基準期間の課税売上高が1,000万円を超える課税期間、課税期間を短縮している課税期間などは対象外です。

令和8年度税制改正では、2割特例の終了後に納付税額を売上税額の3割とすることができる「3割特例」が設けられましたが、対象は個人事業者の令和9年分・令和10年分の申告に限られ、法人は適用できません。2割特例を使ってきた法人は、その翌課税期間から一般課税か簡易課税に移ることになります。2割特例の適用を受けた翌課税期間に簡易課税を選ぶ場合は、その課税期間の申告期限までに届出書を出せばその課税期間から適用できる経過措置もあります。

関連コラム2割特例はどう変わる？令和8年度改正で3割特例へ▸

「2年間」がつく主なルール

法人の消費税では、「2年間」の継続や拘束がつくルールがいくつもあります。「消費税 2年間」と調べる方の多くは、次のいずれかを確認したい場面です。

基準期間：原則として2年前（前々事業年度）の課税売上高で納税義務を判定する
課税事業者選択届出書：提出すると、課税事業者となった日から2年間は免税事業者に戻れない
一括比例配分方式：選択すると2年間以上継続適用した後でないと個別対応方式に変更できない
簡易課税制度：選択すると原則2年間は継続適用する

さらに、課税事業者を選択した期間や新設法人の期間に調整対象固定資産を取得し一般課税で申告すると、原則3年間は免税事業者に戻れなくなります。高額特定資産を取得した場合にも同様の制限があり、いわゆる「3年縛り」と呼ばれます。

関連コラム消費税の3年縛りとは？調整対象固定資産と高額特定資産の違いを解説▸

インボイスと免税事業者からの仕入れの経過措置

インボイス制度の下では、仕入税額控除を受けるために、一定の事項を記載した帳簿と適格請求書（インボイス）などの保存が必要です。免税事業者や消費者など、インボイス発行事業者以外の者からの仕入れは原則として控除できませんが、一定の要件を満たせば、仕入税額相当額の一定割合を控除できる経過措置が令和13年9月30日まで設けられています。国税庁　No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）

令和8年度改正後の控除割合（8割から7割・5割・3割へ）

「消費税 80 控除」で知られるこの経過措置は、令和8年度税制改正で適用期限が2年延長されたうえで、控除できる割合が見直されました。改正前は令和8年10月から3年間50%、その後は0%となる予定でしたが、改正後は段階的に引き下げられます。

仕入れを行った期間	控除できる割合
令和5年10月1日〜令和8年9月30日	80%
令和8年10月1日〜令和10年9月30日	70%
令和10年10月1日〜令和12年9月30日	50%
令和12年10月1日〜令和13年9月30日	30%
令和13年10月1日以降	控除不可

あわせて、7割・5割・3割の控除については、1つのインボイス発行事業者以外の者からの課税仕入れの合計額（税込み）が、その事業年度で1億円（改正前は10億円）を超える場合、超えた部分には適用できなくなりました。この上限の見直しは、令和8年10月1日以後に開始する課税期間から適用されます。

本日（令和8年10月20日）時点では、すでに7割控除の期間に入っています。たとえば、免税事業者から税込110万円（標準税率）の外注サービスを受けた場合の控除額は次のとおりです（消費税と地方消費税の合計額で示しています）。

仕入税額相当額：110万円 × 10/110 ＝ 10万円

控除できる額：10万円 × 70% ＝ 7万円

実務では、9月までの取引と10月以降の取引で控除割合が変わるため、会計ソフトの税区分の設定を切り替え忘れ、80%のまま計上してしまう例が見られます。免税事業者との取引が多い法人は、期中の段階で税区分の設定と取引先ごとの年間の仕入額を確認しておくと、申告時の手戻りを防げます。

法人の消費税の申告・納付期限

確定申告の期限と延長の特例

課税事業者である法人は、課税期間ごとに、その課税期間の終了の日から2か月以内に、納税地を所轄する税務署長に消費税の確定申告書を提出し、納付します。3月決算法人であれば、原則として5月末日が期限です。国税庁　No.6610 法人に係る消費税の確定申告書の提出期限について

法人税の「確定申告書の提出期限の延長の特例」を受けている法人は、「消費税申告期限延長届出書」を税務署に出すことで、提出した日の属する事業年度以後の消費税の確定申告期限を1か月延ばせます。ただし、延長された期間については利子税をあわせて納付する必要があります。法人税の申告期限を延長していても、この届出を出さなければ消費税の期限は延長されない点に注意が必要です。

中間申告の区分

直前の課税期間の確定消費税額（地方消費税を含みません）が48万円を超える法人は、中間申告と納付が必要です。回数は直前の課税期間の確定消費税額に応じて次のように決まります。国税庁　No.6609 中間申告の方法

直前の課税期間の確定消費税額	中間申告の回数	1回あたりの中間納付税額
48万円以下	原則不要（任意の中間申告制度あり）	ー
48万円超400万円以下	年1回	確定消費税額の6/12
400万円超4,800万円以下	年3回	確定消費税額の3/12
4,800万円超	年11回	確定消費税額の1/12

中間納付税額には、あわせて地方消費税（消費税額の78分の22）を納付します。各中間申告の期限は、原則として中間申告の対象となる期間の末日の翌日から2か月以内です。直前の課税期間の実績による方法に代えて、仮決算に基づいて中間申告・納付することもできます。

非課税取引の代表例と社宅の消費税

消費税は、国内で事業者が事業として対価を得て行う取引が対象ですが、性格上課税になじまないものや社会政策的な配慮から、非課税とされる取引があります。代表例は、土地の譲渡・貸付け、有価証券等の譲渡、預貯金の利子や保険料、住宅の貸付けなどです。国税庁　No.6201 非課税となる取引

「社宅消費税」で気になるのが住宅の貸付けの扱いです。住宅とは人の居住の用に供する家屋をいい、一戸建てやマンション、アパートのほか、社宅や寮も含まれます。住宅用の建物を借りて従業員に貸す、いわゆる借上社宅でも、契約で住宅として転貸することが明らかな場合は住宅の貸付けとして非課税になります。国税庁　No.6226 住宅の貸付け

法人にとっての影響は2つあります。1つは、社宅として借りる家賃が非課税のため、仕入税額控除の対象にならないことです。もう1つは、従業員から受け取る社宅使用料が非課税売上げとなり、課税売上割合の分母に入ることです。課税売上割合が95%前後の法人では、社宅使用料や住宅の賃貸収入の有無で、全額控除か個別対応方式・一括比例配分方式かが分かれることもあります。なお、貸付期間が1か月未満の場合や、旅館業に当たる施設の貸付けは非課税になりません。

まとめ

法人の消費税は、納税義務の判定、計算方法の選択、インボイスと経過措置、申告・納付期限の順に整理すると全体像がつかみやすくなります。要点は次のとおりです。

納税義務は原則として前々事業年度（基準期間）の課税売上高1,000万円で判定し、特定期間・新設法人・特定新規設立法人・インボイス登録にも注意する
課税売上高5億円超または課税売上割合95%未満なら、個別対応方式か一括比例配分方式で仕入控除税額を計算する
簡易課税は基準期間の課税売上高5,000万円以下で届出が必要、2割特例は法人だと令和8年9月30日を含む課税期間まで、3割特例は個人事業者のみ
免税事業者からの仕入れの控除割合は令和8年10月から70%、令和10年10月から50%、令和12年10月から令和13年9月まで30%
確定申告は課税期間の終了の日から2か月以内で、延長には消費税申告期限延長届出書が必要

どの計算方法が有利か、どの期から課税事業者になるかは、売上げの推移や設備投資の予定、取引先の登録状況によって変わります。判定に迷う場合や届出の期限が近い場合は、まずは税理士にご相談ください。

この記事を読んだ方へ

Income Tax 所得税・確定申告のご相談判断に迷ったら、まずは税理士にご相談ください。オンラインでも対応しています。個人のお客様へ Contact 税理士に無料で相談するフォームは24時間受付。1営業日以内にご返信します。無料相談フォームへ

参考文献

法人の消費税のよくある質問まとめ

Q.法人の消費税の納税義務は何で判定しますか？

A.原則として、事業年度が1年の法人は前々事業年度（基準期間）の課税売上高が1,000万円を超えるかで判定します。1,000万円以下でも、特定期間の課税売上高等が1,000万円を超える場合や、資本金1,000万円以上の新設法人、インボイス発行事業者の登録をしている場合などは納税義務が免除されません。

Q.消費税の基準期間が2年前なのはなぜですか？

A.事業年度が始まった時点で、その期に課税事業者となるかが確定している必要があるためと考えられます。前事業年度の売上げは当期の開始時点ではまだ確定していないため、前々事業年度で判定し、その時間差を前事業年度の前半6か月で判定する特定期間の制度で補っています。

Q.個別対応方式と一括比例配分方式はどちらが有利ですか？

A.課税売上げにのみ要する仕入れの割合が大きいほど個別対応方式が有利になりやすく、非課税売上げにのみ要する仕入れが大きい場合は一括比例配分方式が有利になることがあります。一括比例配分方式を選ぶと2年間以上継続適用した後でなければ個別対応方式に変更できないため、数期分の見込みで比較して選ぶことが大切です。

Q.法人も2割特例や3割特例を使えますか？

A.2割特例は法人も対象で、令和5年10月1日から令和8年9月30日までの日を含む各課税期間に適用できます。令和8年度税制改正で設けられた3割特例は、個人事業者の令和9年分・令和10年分の申告に限られ、法人は適用できません。

Q.免税事業者からの仕入れはいくら控除できますか？

A.令和8年10月1日から令和10年9月30日までの仕入れは仕入税額相当額の70%、令和10年10月1日から令和12年9月30日までは50%、令和12年10月1日から令和13年9月30日までは30%を控除できます。令和8年10月1日以後に開始する課税期間からは、1つの免税事業者等からの仕入れの合計額が事業年度で1億円を超える部分には適用できません。

Q.社宅の家賃に消費税はかかりますか？

A.住宅の貸付けは非課税で、社宅や寮も住宅に含まれます。借上社宅でも契約で住宅として転貸することが明らかな場合は非課税となるため、法人が支払う家賃は仕入税額控除の対象にならず、従業員から受け取る社宅使用料は非課税売上げとして課税売上割合の計算に含まれます。

本記事は正確な情報提供を心掛けておりますが、執筆時点の情報に基づいているため、法改正や人的ミス、個別のケースにより適用が異なる可能性があります。最新の情報や具体的なご相談については、お気軽に弊法人の税理士までお問い合わせください。