修正申告に税務代理権限証書は必要？提出の要否と調査通知の関係を解説

決算や確定申告のあとで売上の計上もれや経費の誤りが見つかり、修正申告を検討している事業者・経営者・経理担当の方に向けた記事です。結論から申し上げると、修正申告そのものに税務代理権限証書は必要ありません。ただし、その修正申告を税理士に代理で提出してもらう場合には、税理士側に提出義務がありますe-Gov法令検索　税理士法第30条。

「自分で出すなら要らない書類なのか」「調査の連絡が来てから出しても間に合うのか」と迷われる方も多いはずです。この記事では、誰がいつ提出する書類なのか、調査の事前通知や書面添付制度（税理士法第33条の2）とどうつながるのかを、判断材料として整理します。

修正申告で税務代理権限証書が必要になる場面

税務代理権限証書は、納税者が提出する書類ではなく、税務代理を引き受けた税理士または税理士法人が税務官公署へ提出する書類です。修正申告書そのものの添付書類ではないため、「修正申告をするなら必ず要る」という性質のものではありません。誰が手続をするかで要否が変わります。

修正申告の進め方	税務代理権限証書の要否
税理士に依頼し、税理士が税務代理人として提出する	税理士側に提出義務がある（納税者の委任が前提）
税理士に書類作成だけを頼み、納税者本人が提出する	税務代理を伴わないため提出されないことがある
納税者が自分で作成し、自分で提出する	不要

税理士に依頼する場合の提出義務

税理士は、税務代理をする場合には、財務省令で定めるところにより、その権限を有することを証する書面を税務官公署に提出しなければならないとされています。修正申告の代理提出も税務代理にあたりますので、税理士が納税者に代わって修正申告書を提出するときは、この税務代理権限証書があわせて提出されるのが原則です。

つまり、納税者側で用意する書類ではなく、委任を受けた税理士が作成して提出する書類だとご理解ください。納税者が行うのは、どの税目・どの年分について税務代理を委任するかを税理士と確認し、委任の内容に誤りがないかを見ることです。

自分で修正申告を提出する場合の取扱い

納税者ご本人が修正申告書を作成し、税務署へ提出する場合には、税務代理そのものが発生しませんので税務代理権限証書は不要です。修正申告は、納める税金が少な過ぎた場合や還付される税金が多過ぎた場合に、誤った内容を訂正する手続です国税庁　No.2026 確定申告を間違えたとき。

反対に、納める税金が多過ぎた場合や還付される税金が少な過ぎた場合は修正申告ではなく更正の請求という手続になり、請求ができる期間は原則として法定申告期限から5年以内です。どちらの手続にあたるのかを取り違えると、そもそも出す書類が変わってしまいますので注意が必要です。

関連コラム更正請求書とは｜書き方・期限5年・修正申告との違いを税理士が解説▸

税務代理権限証書の記載事項と提出方法

税務代理権限証書は、税理士または税理士法人が税務代理をする場合に、その権限を有することを証する書面として税務官公署に提出する手続です。提出時期は随時とされており、修正申告の場面でも、委任を受けた時点で提出することができます国税庁　H2-1 税務代理の権限の明示。

提出先・提出時期と様式

手続根拠	税理士法第30条
手続対象者	税理士または税理士法人
提出時期	随時
提出方法	e-Taxで提出（書面を作成して持参・送付も可）
提出先	税務代理に係る税務官公署（税務署、国税局または国税不服審判所等）

修正申告の依頼では、当初の申告を担当した税理士とは別の税理士に相談されるケースもあります。その場合、新たに委任を受けた税理士が改めて税務代理権限証書を提出することになりますので、「どの税目・どの年分等まで委任するのか」を依頼時に明確にしておくことが実務上の要点になります。

令和8年9月24日以降の書面様式

書面で提出する場合の様式は、令和8年9月24日以降に書面で提出されるものについて新しい様式が用意されています。様式は国税庁のページから記載要領とあわせて入手できますので、書面提出を予定している場合は提出日を基準に様式を確認してください。

また、税務代理権限証書の「2　税務代理の対象となる書類の受領に関する事項」欄では、「1　税務代理の対象に関する事項」欄に記載した税目・年分等に係る一定の通知を、e-Taxにより代理受領することを委任できます。代理受領できる電子通知には、期限後申告書・修正申告書の提出、更正の請求に係る更正があった場合に課する加算税に係る賦課決定通知が含まれます。修正申告のあとに届く加算税の通知を税理士が受け取れるかどうかは、この欄の記載で決まります。

調査の事前通知・調査通知との関係

修正申告の場面で税務代理権限証書が特に効いてくるのが、税務調査の連絡がどこに届くかという点です。納税者に税務代理権限証書を提出している税理士（税務代理人）がいる場合で、その証書に事前通知に関する同意の記載があるときは、納税者への事前通知は当該税務代理人に対して行えば足りるとされています国税庁　税務調査手続に関するFAQ（税理士向け）。

事前通知に関する同意欄の役割

この同意は、法令上、税務代理権限証書に記載することとされています。税務代理権限証書以外の書面や口頭で同意を示しても有効なものとは認められません。記載箇所は税務代理権限証書の「調査の通知に関する同意」欄で、令和6年4月1日以後は「調査の通知・終了の際の手続に関する同意」の「調査の通知」欄にレ印を記載する取扱いです。

実務では、毎年きちんと税務代理権限証書は提出されているのに、この同意欄のレ印だけが抜けているというケースを目にします。この場合、調査の連絡は納税者本人にも行われますので、社長が直接電話を受けて驚き、あわてて顧問税理士へ連絡する、という流れになりがちです。修正申告を機に委任内容を見直すのであれば、この欄の記載もあわせて確認しておくと安心です。

なお、法人の調査では一般に法人税・消費税・源泉所得税の調査が同時に行われます。そのため、同意を示す場合には法人税以外の税目についても同意を記載した税務代理権限証書を提出することとされています。税目が漏れていると、その税目についてだけ本人へ通知が届くことになります。

調査通知の前後で変わる過少申告加算税

修正申告を「いつ出すか」で、過少申告加算税の有無と割合が変わります。税務署からの調査の事前通知の前に自主的に修正申告をした場合であれば、過少申告加算税はかかりません。事前通知の後で、調査による更正を予知する前に修正申告をした場合は5パーセント、税務署の調査を受けた後に修正申告をした場合は10パーセントの割合となります。いずれも、新たに納める税金が当初の申告納税額と50万円とのいずれか多い金額を超えるときは、その超える部分の割合が5パーセントずつ高くなります。

修正申告を提出した時期	過少申告加算税の割合
調査の事前通知の前に自主的に提出	かからない
事前通知の後、更正を予知する前に提出	5パーセント（超える部分は10パーセント）
調査を受けた後に提出、または更正を受けた	10パーセント（超える部分は15パーセント）

具体的に見てみます。当初の申告納税額が40万円で、修正申告により新たに納める税金が200万円となり、事前通知の後・更正を予知する前に提出したケースです。

当初の申告納税額40万円と 50万円のいずれか多い金額＝ 50万円

50万円 × 5％＝ 2万5000円

（200万円 − 50万円） × 10％＝ 15万円

2万5000円＋ 15万円＝過少申告加算税17万5000円

同じ内容の誤りでも、事前通知より前に自主的に修正申告を提出していれば過少申告加算税はかかりません。誤りに気づいた時点でできるだけ早く動くことが、金額面でもはっきり効いてくるということです。なお、修正申告により新たに納める税金は修正申告書を提出する日が納期限となり、納付の日までの延滞税もあわせて納付する必要がありますe-Gov法令検索　国税通則法第65条。

関連コラム所得税の修正申告期限｜いつまでに出すか・加算税を税理士が解説▸

書面添付制度と修正申告の関係

税務代理権限証書と混同されやすいのが、書面添付制度で提出する計算事項等記載書面です。こちらは税理士法第33条の2に基づく書面で、税理士が申告書の作成に関して計算し、整理し、または相談に応じた事項などを記載するものです。税務代理権限証書が「代理権の証明」であるのに対し、計算事項等記載書面は「申告書の中身の説明」であり、役割が異なります。

税務代理権限証書	計算事項等記載書面
税務代理の権限を有することを証明する書面	申告書がどのように調製されたかを明らかにする書面
税務代理をする場合に提出義務がある	税理士が作成した場合に申告書へ添付する
事前通知の宛先や書類の代理受領に関係する	調査通知前の意見聴取の対象となる

意見聴取の対象となる税理士

計算事項等記載書面が添付された申告書について、納税者に税務調査の日時場所をあらかじめ通知するときは、その通知前に、税務代理を行う税理士に対して、記載事項について意見を述べる機会を与えなければならないとされています国税庁　４　書面添付・意見聴取制度。

ここで重要なのが、意見聴取の対象となるのは「現在、税務代理権限証書を提出している税理士」であるという点です。計算事項等記載書面を作成した税理士と、現在の税務代理人が異なる場合には、現在税務代理権限証書を提出している税理士に対して意見聴取が行われます。修正申告を機に税理士を変更した場合、書面添付の効果を受ける相手も変わるということです。

意見聴取を実施する場合は、税務署等が納税者に対して調査通知を行う日の1週間から2週間前までに、意見聴取の日時と方法を取り決めるための連絡が行われます。また、事前通知が行われない調査では、調査通知前の意見聴取は行われません。

意見聴取後の修正申告と加算税の取扱い

意見聴取における質疑等は、調査を行うかどうかを判断する前に行うものです。そのため、意見聴取における質疑等のみに基因して修正申告書が提出されたとしても、その提出は調査があったことにより更正があるべきことを予知してされたものには当たらないと整理されています。

ただし、加算税が賦課されないのは、意見聴取から調査通知までの間に修正申告書を提出したときに限られます。調査通知以後に修正申告書を提出した場合には、更正を予知する前であっても加算税が課される取扱いですので、意見聴取の連絡を受けてから提出までの時間の使い方が結果を分けます。書面添付は調査の省略を前提とした制度ではない点もあわせて押さえておきたいところです。

実務での取扱いと注意点

ここでは、修正申告の依頼をお受けする際に実際に確認している点を挙げます。制度としては細かい部分ですが、通知がどこに届くかという結果に直結します。

過去の年分等をまとめて委任する際の記載

過去に提出した税務代理権限証書に同意の記載が無かった場合でも、次回の申告の際に、過去に税務代理権限証書を提出した年分・事業年度等も含めることを明らかにして同意を記載した税務代理権限証書を提出すれば、過去の年分等について再提出する必要はありません。

ただし、次回の申告より前に事前通知が行われる場合は、納税者と税務代理人の双方が通知の対象になります。修正申告のように年の途中で動く手続では、この時間差が問題になりがちです。実務では、直近の年分等について速やかに同意を記載した税務代理権限証書を出し直すという対応を取ることがあります。相続税のように翌年分の申告が無い税目では、同意が示された時点で速やかに再提出することとされています。

複数の税理士がいる場合の代表税務代理人

税務代理人が複数ある場合、事前通知が行われる税目について委任を受けている全ての税務代理人に事前通知が行われます。ただし、代表する税務代理人の定めがあり、その税目について代表する税務代理人が委任を受けているときは、代表する税務代理人にのみ事前通知が行われます。

顧問税理士と、修正申告だけをスポットで依頼した税理士が並存する場面では、誰が窓口になるのかをあらかじめ決めて税務代理権限証書に反映しておくことで、連絡の行き違いを防げます。なお、調査結果の内容説明等については、令和6年4月1日以後は税務代理権限証書の様式に「調査の終了の際の手続に関する同意」欄が設けられており、この同意が記載されていれば税務代理人に対して説明が行われます。

修正申告が必要かどうか、いつ出すのが適切か、委任の範囲をどう設計するかは、誤りの内容や調査の進み具合によって判断が変わります。ご自身のケースで迷われた場合は、具体的な事情を整理したうえで、まずは税理士にご相談ください。

まとめ

修正申告と税務代理権限証書の関係を、判断材料として整理します。

修正申告書そのものに税務代理権限証書は不要で、納税者本人が提出する場合は用意する必要がない。
税理士が税務代理として修正申告を提出する場合は、税理士側に税務代理権限証書の提出義務がある。
事前通知に関する同意は税務代理権限証書に記載する必要があり、口頭や他の書面では有効と認められない。
修正申告は、調査の事前通知の前に自主的に提出すれば過少申告加算税がかからない。
書面添付をしている場合でも、加算税が課されないのは意見聴取から調査通知までの間に提出したときに限られる。
意見聴取の相手は、現在税務代理権限証書を提出している税理士である。

税務判断は個別性が高い分野です。具体的なケースは税理士へのご相談をおすすめします。

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参考文献

修正申告と税務代理権限証書のよくある質問まとめ

Q.修正申告書に税務代理権限証書を添付する必要はありますか。

A.修正申告書そのものの添付書類ではありません。税理士が税務代理として提出する場合に、税理士が税務代理権限証書を税務官公署へ提出します。納税者本人が提出する場合は不要です。

Q.自分で修正申告を提出する場合でも税務代理権限証書は要りますか。

A.税務代理が発生しないため不要です。税理士に作成だけを依頼し、提出を本人が行う場合も、税務代理を伴わなければ提出されないことがあります。

Q.税務代理権限証書はいつ提出しますか。

A.提出時期は随時とされています。提出方法はe-Taxが基本で、書面を作成して持参または送付することもできます。提出先は税務代理に係る税務署、国税局または国税不服審判所等です。

Q.税務代理権限証書を出せば調査の連絡は税理士に届きますか。

A.提出しているだけでは足りません。事前通知に関する同意を税務代理権限証書に記載している場合に、納税者への事前通知は税務代理人に対して行えば足りるとされています。口頭や他の書面による同意は有効と認められません。

Q.修正申告を早く出すと過少申告加算税は変わりますか。

A.調査の事前通知の前に自主的に修正申告をすれば過少申告加算税はかかりません。事前通知の後で更正を予知する前は5パーセント、調査を受けた後は10パーセントとなり、一定額を超える部分はそれぞれ5パーセント高くなります。

Q.書面添付をしていれば修正申告しても加算税はかかりませんか。

A.加算税が賦課されないのは、意見聴取から調査通知までの間に修正申告書を提出したときに限られます。調査通知以後の提出は、更正を予知する前であっても加算税の対象となります。

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